（一）办公室。下设综合科、文秘科、信息技术科。负责机关日常运转工作，负责州纪委全会、州纪委常委会会议暨州监委委务会议、州纪委书记专题会议和其他重要会议、活动的筹备组织工作，组织协调机关调查研究工作，联系州纪委委员；汇总党风廉政建设和反腐败工作情况，组织起草机关有关文件文稿，编发通报和信息，编写州纪委监委大事记，审核制发公文；督促检查有关工作部署和领导批示批办事项的落实情况，组织协调州人大代表建议和州政协提案办理工作；协调落实机关保密工作，负责全州纪检监察系统普通密码管理工作；统筹指导机关及派驻（出）机构档案管理工作；负责机关后勤保障服务、机关社会保障、机关及派驻（出）机构涉案款物保管等工作；负责机关外事、对外联络接洽等工作；负责特约监察员工作；负责制定和组织实施全州纪检监察机关信息化及技术装备规划、计划；组织协调全州纪检监察机关计算机网络综合办公系统和业务应用系统建设；负责州纪委监委机关信息化和技术装备建设工作；建设监督和审查调查大数据平台，提供信息查询；负责综合分析全州全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况；开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿；负责提出全州纪检监察法规制度建设规划、计划和立法立规建议；起草、修改纪检监察法规制度，对机关有关部门起草的法规制度草案进行审核；负责纪检监察法规的咨询答复、解释指导、立法立规后评估、备案审查、清零、编纂等。
（二）组织部。下设干部科、干部培训科。负责全州纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责机关各部门、巡察机构、派驻机构干部人事工作，配合做好干部日常教育管理监督；会同有关方面，负责巡察机构、派驻（出）机构、县市纪委监委、州属企事业单位纪检监察领导班子建设，承办领导班子成员的提名、考察、任免等干部人事工作；负责组织和指导全州纪检监察系统、巡察机构的干部教育培训工作，会同有关方面承办全州纪检监察系统和巡察机构的表彰奖励工作；负责机关离退休干部（职工）管理服务工作。
（三）宣传部。下设新闻科、预防科。负责全州纪检监察系统和巡察机构意识形态工作；组织协调全州纪检监察系统全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关新闻事务及党风廉政建设和反腐败工作网络舆情收集、研判和处置工作；负责党章党规党纪、相关法律法规以及纪检监察政策理论和先进典型等宣传及舆论引导工作；组织协调全州预防腐败工作，负责州廉政教育基地和警示教育基地建设，制作警示教育材料；负责州纪委监委理论学习中心组学习组织相关工作；负责甘南廉政网管理及新媒体管理维护工作。
（四）党风政风监督室。负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；负责综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；负责综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；负责综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；负责综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；负责综合协调州纪委监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导全州纪检监察系统的党风政风监督工作。
（五）信访室。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对州委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收州纪委监委派驻机构和县市纪委监委报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移送相关室；受理党员对州纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对州监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况，为研判党风廉政建设和反腐败工作形势提供决策支撑和信息服务；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
（六）案件监督管理室(加挂州委反腐败协调小组办公室牌子)。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见并移交监督检查室；统一受理下级纪检监察机关和州纪委监委派驻（出）机构线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对审查调查措施使用进行监督管理，对依纪依法安全办案情况进行监督检查；对报批的留置申请进行审查并办理相关手续，对留置报备材料进行审查，对州县市监委使用留置措施情况进行监督检查；负责建立和管理州管干部（不包括州管纪检监察干部）廉政档案，协助办理州管干部任职前回复州委组织部意见工作；承担州委反腐败协调小组办公室日常工作和追逃追赃相关工作。
（七）第一至第四监督检查室。主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系县市、部门和单位领导班子及州管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（县市）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，研究、分析和报告联系县市政治生态情况，指导、检查、督促纪委监委、派驻（出）机构落实纪检、监察责任，实施问责；承办应由委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作并向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索、提出处置建议，对适用“四种形态”中第一种、第二种形态的，按程序开展谈话函询、初步核实工作，对适用第三种、第四种形态的，按程序移交案件监督管理室；负责联系派驻（出）机构的业务指导工作，协调组织部门做好考核工作；综合、协调、指导联系单位（县市）及其系统的纪检监察工作等。
（八）第五至第六审查调查室。主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
（九）案件审理室。负责审理州纪委监委直接审查调查、报州委和州纪委监委批准或备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；负责审理司法机关、行政执法机关移送州纪委监委需要追究党纪、政务责任的案件；承办党员对州纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件，监察对象对州监委作出的涉及本人处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由州纪委监委办理的申诉、复核案件；受理并处理申请国家赔偿事宜；承办州监委给予的政务处分的解除工作；负责州监委调查的涉嫌职务犯罪案件向检察机关移送起诉工作。
（十）纪检监察干部监督室。负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理除州纪委书记、监委主任，州纪委副书记、监委副主任以外的所有州纪委监委机关及直属单位、派驻机构纪检监察干部、州委巡察机构干部，县市纪委书记、监委主任，纪委副书记、监委副主任及州纪委派出纪工委、州管企事业单位纪检监察机构领导班子成员涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索谈话函询、初步核实及立案审查调查工作等；组织开展全州纪检监察系统内部巡察工作；建立和管理州管纪检监察干部廉政档案。
（十一）办案点管理中心。负责州级留置点、专案点及办案场所的管理工作。
机关党委。负责机关及直属事业单位党群工作；负责派驻机构和州委巡察机构党建工作。
州委巡察领导小组办公室为州委的工作部门，设在州纪委。